Vérification des antécédents bactériens : les suspects du système de sécurité alimentaire

Bien que nous ayons tendance à associer l'E. coli aux éclosions de maladies d'origine alimentaire, la plupart des formes de la bactérie vivent naturellement dans les intestins des humains et des animaux en santé.

Certaines formes de bactéries associées aux aliments peuvent toutefois entraîner diverses maladies. Lors d'une éclosion de maladie d'origine alimentaire, les responsables de la santé publique de tout le pays doivent savoir quels produits alimentaires présentent un risque pour les Canadiens.

Pour déterminer s'il y a éclosion de maladie d'origine alimentaire, l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC) se fie à ses experts et aux analyses en laboratoire pour identifier les cas de maladie qui sont liés entre eux.

La génomique : un système de sécurité de luxe contre les agents pathogènes d'origine alimentaire

Dans un billet précédent, nous avons découvert comment l'ASPC et ses partenaires du domaine de la salubrité alimentaire, comme l'Agence canadienne d'inspection des aliments, enquêtent sur les éclosions de maladies d'origine alimentaire, surveillent ces dernières et interviennent dans le cadre de celles-ci. Lorsque les experts en laboratoire déterminent que la cause de la maladie est liée aux mêmes souches de la bactérie, comme l'E. coli, la listériose ou la Salmonella, cette information est diffusée aux épidémiologistes, qui s'emploient ensuite à identifier les aliments contaminés. Si les aliments contaminés peuvent être identifiés, un rappel d'aliments est lancé.

Auparavant, les scientifiques du Laboratoire national de microbiologie (LNM) de l'ASPC utilisaient des approches de « laboratoire humide » pour trouver l'empreinte génétique des bactéries causant des maladies d'origine alimentaire. Dans ces « laboratoires humides » traditionnels, les scientifiques utilisaient des boîtes de Pétri et des microscopes.

Désormais, les scientifiques du LNM utilisent la génomique pour identifier les bactéries causant la maladie. La génomique consiste à comprendre, à interpréter et à tirer profit du code génétique dans des « laboratoires arides » au moyen de technologies informatiques de pointe. La génomique peut générer l'ensemble de la séquence ADN d'un organisme avec une précision incroyable. Cette technique est utilisée pour étudier l'ADN d'une bactérie afin d'identifier des marqueurs communs et ensuite comparer les bactéries prélevées chez les patients avec celles prélevées dans les aliments.

Imaginez que la bactérie étudiée est en fait un roman policier. L'ancienne technologie permettait d'avoir un aperçu de la table des matières tandis que les nouvelles méthodes de pointe en génomique rédigent chaque mot du livre pour nos détectives.

L'utilisation de la génomique et des technologies informatiques de pointe permettent d'établir une structure de sécurité de luxe pour le système alimentaire du Canada. Les scientifiques du LNM peuvent désormais identifier des agents pathogènes d'origine alimentaire présentant un risque élevé lors d'une éclosion avec une plus grande précision. Ces technologies pavent la voie vers la prochaine norme de référence en santé publique et sont offertes aux autres partenaires fédéraux et provinciaux.

Le dossier bactérien : des données pour l'avenir

Les données informatiques générées par les technologies de génomique permettent aux scientifiques de cerner une éclosion et de lancer l'intervention. Ces données contribuent également aux bases de données génétiques, qui pourront être utilisées pour identifier une maladie causée par une bactérie correspondante.

Par exemple, pendant une éclosion de Salmonella associée à des croquettes de poulet au Canada, le LNM a utilisé des techniques de génomique pour générer un génome complet et caractériser les souches de la maladie dans les croquettes de poulet. Il a ainsi pu lier rapidement les cas observés au Canada avec les croquettes de poulet contaminées.

Grâce à l'avancement de la génomique, le Canada est en meilleure position pour réagir aux futures éclosions de maladies d'origine alimentaire et protéger la santé des Canadiens.

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