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Lorsqu’il y a recrudescence de la COVID-19, les laboratoires fédéraux augmentent la capacité de dépistage du Canada

Lorsque la demande de capacité de dépistage de la COVID-19 est en hausse, par exemple en raison de l’augmentation du nombre de cas du variant Omicron, un réseau pancanadien de sites de dépistage de pointe passe à l’action. Tout récemment, ces sites ont été utilisés dans le cadre de la réponse à la vague Omicron, qui a entraîné une augmentation soudaine des besoins en matière de dépistage au Canada. Sous la direction du Laboratoire national de microbiologie (LNM) de l’Agence de la santé publique du Canada, ces sites offrent une capacité de dépistage supplémentaire et aident les provinces, les territoires et d’autres ministères à éliminer les arriérés de tests. Cela permet de réduire les délais pour l’obtention des résultats de tests, ce qui signifie que les interventions de santé publique peuvent se faire plus rapidement.

Tout le monde met la main à la pâte

En prévision de futures vagues de COVID-19, le LNM a entamé le processus pour établir une capacité de pointe fédérale en 2020. Pour lancer ces sites de dépistage, le LNM a fourni la formation et le leadership nécessaires à six autres laboratoires du gouvernement du Canada afin qu’ils puissent passer de leurs activités habituelles de recherche au diagnostic de la COVID-19.

En ce qui concerne la sélection des sites, le LNM cherchait d’autres laboratoires qui avaient des compétences semblables à celles requises pour diagnostiquer la COVID-19 et qui se situaient à des endroits stratégiques, près des centres de population. Voici les six laboratoires fédéraux qui répondaient aux critères :

  • Vancouver (Colombie-Britannique) – Environnement et Changement climatique Canada
  • Lethbridge (Alberta) – Agence canadienne d’inspection des aliments
  • Guelph (Ontario) – Agence de la santé publique du Canada
  • Ottawa (Ontario) – Agence canadienne d’inspection des aliments
  • Moncton (Nouveau-Brunswick) – Pêches et Océans Canada
  • Winnipeg (Manitoba) – Laboratoire national de microbiologie de l’Agence de la santé publique du Canada

« Nous avons mis à profit l’expertise des scientifiques du gouvernement du Canada dans différents domaines, notamment les agents zoopathogènes, afin d’établir des tests de haute qualité et de les utiliser à bon escient pour protéger la santé de la population canadienne », explique Mme Cindi Corbett, directrice de la Division de la sécurité sanitaire et des interventions.

Il y avait beaucoup de facteurs à prendre en considération : la formation, l’assurance de la qualité, la biosûreté, l’approvisionnement et la logistique. Au LNM, tout le monde a mis la main à la pâte; le personnel a créé des programmes de formation avec des formateurs et des agents de liaison propres à chaque site. Le LNM a formé plus de 200 personnes, dont une équipe de 20 de ses propres employés qui vérifient et approuvent à tour de rôle les résultats des tests provenant des sites de dépistage de pointe.

« À ce moment-là, certains laboratoires avaient une capacité limitée en raison des restrictions de confinement liées à la COVID-19, et certains scientifiques travaillaient de la maison sur d’autres projets hors laboratoire. De nombreux scientifiques se sont portés volontaires pour aider. Ils étaient fiers d’utiliser leurs compétences pour aider à lutter contre la pandémie de COVID-19 », explique Mme Corbett.

Adaptation rapide

Les équipes de Mme Celine Nadon, directrice de la Division des maladies entériques, et de Kim Ziebell, chercheuse scientifique principale, sont spécialisées dans les maladies bactériennes entériques (maladies transmises par les aliments et l’eau, comme Salmonella et E. coli). Ce sont elles qui ont effectué la grande majorité des tests de dépistage pour les entrées à la frontière terrestre de l’Ontario en provenance des États-Unis en 2021, au laboratoire du LNM à Guelph. Les équipes ont eu recours à plusieurs équipements et technologies qu’elles utilisaient déjà pour le diagnostic d’une infection à Salmonella, mais elles n’avaient jamais travaillé avec des virus dans leur laboratoire et ont dû appliquer leur expertise à un nouveau type de test et à un volume qu’elles n’avaient jamais vu, soit 107 000 tests sur une période de 4 mois en 2021. Elles ont suivi les directives de leurs collègues du LNM à Winnipeg, qui diagnostiquent souvent des infections virales respiratoires. Les équipes possèdent également une vaste expertise dans la mise en place de réseaux de dépistage en laboratoire de maladies entraînant des conséquences graves, ce qui a aidé à établir le flux de travail et les systèmes robotisés requis.

« Nous nous sommes rapidement écartés de notre travail habituel, même si nous n’avions jamais rien fait de similaire avant », explique Mme Nadon. « L’expertise des membres de l’équipe a été mise en évidence, car ils ont été en mesure d’adapter à la COVID-19 leurs connaissances acquises sur une maladie totalement différente. Ce fut un défi, mais aussi une réussite pour notre personnel au LNM. »

Une technologie spécialisée accélère le dépistage

Bien que le LNM ne se spécialise pas dans les analyses à haut débit, il a été en mesure de s’adapter et de trouver des solutions pour traiter le volume énorme de tests. Kym Antonation, chef de la section Élaboration d’épreuves et diagnostic – microbiologie médicolégale du LNM, a conçu un système robotisé personnalisé qui est maintenant en place dans quatre des laboratoires de pointe. Le système utilise un bras robotisé pour effectuer les tests, ce qui permet de tripler la vitesse de production. Il est reprogrammable et pourra être modifié pour prendre en charge d’autres types de tests.

Le LNM a soutenu les efforts de dépistage dès les premiers jours de la pandémie de COVID-19 et a même déplacé ses laboratoires mobiles là où ils étaient nécessaires. Au début de 2020, les membres du personnel ont passé deux mois à réaliser des tests de dépistage chez des citoyens canadiens rapatriés; ils ont eu recours à des laboratoires mobiles permettant d’effectuer des tests rapides sur place. Ces laboratoires mobiles ont déjà été utilisés lors des Jeux olympiques de Vancouver et d’autres événements très médiatisés. Certains sont conçus pour des agents pathogènes à haut niveau de confinement et sont habituellement utilisés en cas de menaces biologiques. Plus tôt pendant la pandémie, les sites de dépistage de pointe ont également été activés afin d’aider à traiter les échantillons prélevés chez des voyageurs arrivant au Canada par des points d’entrée terrestres.

Approche « Une seule santé » pour les pandémies futures

Le LNM prévoit poursuivre les partenariats qu’il a établis avec le réseau de laboratoires du gouvernement du Canada. Bien que les sites partout au pays reprendront un jour leurs propres activités, le LNM espère poursuivre la formation polyvalente et mettre en place des ententes pour faire appel les uns aux autres à l’avenir en cas de besoin. Cette façon de faire s’inscrit dans l’adoption d’une approche multidisciplinaire « Une seule santé » en matière d’intervention d’urgence et de préparation en prévision de futures pandémies. Le renforcement des infrastructures et des relations entre les scientifiques du gouvernement du Canada tient compte des liens entre la santé des humains, des animaux et des écosystèmes.

« L’un des plus grands avantages de la mise en place de ce réseau, c’est que nous pouvons transférer les compétences à des personnes de partout au Canada, qui pourront les utiliser de diverses façons. Les infrastructures et les collaborations sont désormais en place si nous en avons besoin », affirme Mme Antonation.


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