27 janvier 2020
Recommandations du réseau des laboratoires de santé publique du Canada (RLSPC) pour la détection en laboratoire d’Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (O157 et non-O157). Chui L, Christianson S*, Alexander DC, Arseneau V, Bekal S, Berenger B, Chen Y, Davidson R, Farrell DJ, German GJ, Gilbert L, Hoang L, Johnson RP, MacKeen A*, Maki A, Nadon C*, Nickerson E, Peralta A, Radons Arneson SM*, Yu Y, Ziebell K*. Relevé des maladies transmissibles au Canada 2018 1 nov; 44(11):345-9. doi: https://doi.org/10.14745/ccdr.v44i11a06f
Cet article scientifique examine le travail de collaboration sur l’amélioration des méthodes de laboratoire pour la détection des organismes Escherichia coli producteurs de Shiga toxines (STEC) au Canada. De solides systèmes de surveillance de la santé publique sont fondés sur l’identification précise des agents pathogènes infectieux. Les recommandations formulées aideront les laboratoires de santé publique à améliorer la détection et à mieux distinguer les sérotypes de STEC. Ces travaux sont un exemple des partenariats nationaux en santé publique établis grâce au Réseau des laboratoires de santé publique du Canada (RLSPC) du LNM pour l’élaboration de pratiques exemplaires dans les laboratoires de santé publique.
Que savait-on de ce domaine avant vos travaux, et quel est le motif de cette recherche ?
Certaines souches d’Escherichia coli (E. coli) provoquent de graves symptômes cliniques, comme une diarrhée sanglante. Bon nombre des souches les plus virulentes d’E. coli sont considérées comme appartenant à la catégorie « STEC », ce qui signifie qu’elles produisent des Shiga toxines. Dans le passé, un seul sérotype (O157:H7) était considéré comme la cause la plus probable, même s’il ne s’agissait que de l’un des nombreux sérotypes de STEC. Cette présomption était tellement ancrée dans le domaine de la microbiologie clinique que, souvent, les méthodes de culture utilisées pour le diagnostic ne permettaient pas de détecter d’autres sérotypes d’E. coli pathogènes. Cette situation a peut-être donné lieu à une sous estimation des taux d’infection par des souches de STEC autres que O157 (non O157). En fait, de nombreuses souches non O157 ont été associées à des maladies graves et à des éclosions importantes (p. ex. l’éclosion de STEC O121 liée à de la farine contaminée survenue en 2016). Ce document d’orientation établit la voie à suivre pour améliorer la détection et la déclaration de tous les cas d’infection à STEC par les laboratoires de santé publique.
Quels sont les résultats les plus importants de vos travaux ?
Le RLSPC a mis sur pied un groupe de travail composé de représentants des laboratoires de santé publique fédéraux, provinciaux et territoriaux afin de déterminer les changements à apporter pour améliorer l’algorithme de diagnostic des infections à STEC. Le groupe de travail a examiné plusieurs facteurs, notamment les conséquences techniques et pratiques des changements recommandés. Les recommandations formulées amélioreront notre capacité à détecter toutes les infections à E. coli d’importance clinique, tout en conciliant les réalités opérationnelles et financières. Conformément aux recommandations, le déroulement général du processus est le suivant : les laboratoires de première ligne devraient utiliser une méthode de culture qui n’empêchera pas la croissance d’E. coli non-O157 ou un test diagnostique sans culture (TDSC) qui permet de détecter la toxine, quel que soit son sérotype. Si le TDSC produit des résultats positifs indiquant la présence possible de STEC, les laboratoires doivent faire le suivi nécessaire et mettre en culture les STEC afin d’appuyer les activités de surveillance et d’orienter les enquêtes et les interventions en cas d’éclosion.
Quelles sont les répercussions de la recherche ?
Ces recommandations présentent des défis tant pour les opérations de laboratoire que pour les activités de surveillance. Les TDSC peuvent être très coûteux et le maintien des méthodes de culture classiques en parallèle avec la méthode de TDSC est requis. Bien que ces méthodes puissent créer des difficultés liées au maintien d’un assortiment d’épreuves, elles sont nécessaires pour appuyer correctement les programmes de surveillance des agents pathogènes. En outre, la détection d’un nombre croissant de STEC non O157 continuera de remettre en cause et de faire progresser les connaissances classiques sur les souches d’E. coli cliniquement pertinentes. Les systèmes de surveillance en place devront évoluer et s'adapter à l’augmentation du nombre de souches identifiées et à leur diversité. Les recommandations devraient améliorer le dépistage de STEC chez les patients présentant une diarrhée, accroître la protection du public grâce à la mise en place de mesures de salubrité des aliments, garantir une surveillance plus précise et améliorer la détection et l’intervention en cas d’éclosion.